MicroAVS re は VASP データ読込みに対応しています。
電荷密度の可視化および、分子形状の時系列再生、コピー表示が行えます。
MicroAVS re の大きな特徴のひとつに、
VASP の計算結果データの読込み対応があります。
(VASP:分子動力学分野において使用される第一原理計算ソフトウェア)
読み込んだ VASP データに対し、以下のことが行なえます。
- 電荷密度データの可視化
- 原子情報パラメータから Ball&Stick、CPK の表示
- 時系列データを読み込み、分子の動きをアニメーション表示
- 分子形状を特定軸方向にコピーして表示
読み込み手順
VASP 読込みでは、通常の 「データ読込み」 とは異なるメニューを使用します。
「File」 メニューの 「read Extra format」-「Read VASP」 メニューを選択すると、
VASP データ読み込み専用のダイアログが表示されます。
「Data select」 で 「VASP」 または 「VASP MD」 のどちらか(下記参照)を選び、
それぞれのファイルを指定(直接パスを入力するか「…」ボタンからファイルブラウザを表示)し、
「Read Data」 ボタンをクリックすると読み込みが行われます。

VASP
電荷密度および原子情報を読み込みます。読み込み直後の可視化メソッドリストには
Ball&Stick(CPK) を表示させるための 「CHGCAR」 と、
電荷密度に対するデフォルト可視化メソッド 「Bounds」 が表示されます。
「Add Method」 ボタンで電荷密度に可視化メソッドを適用します。

VASP MD
複数ステップの原子情報を読み込みます。読み込み直後の可視化メソッドリストには
Ball&Stick(CPK) を表示させるための 「XDATCAR」 が表示されます。
時系列ステップ再生をコントロールするボタン群も含まれます。

分子形状のコピー
「CHGCAR」 および 「XDATCAR」 には分子形状をコピーするパラメータがあります。
コピーする方向(任意方向の指定が可能)とコピー回数を指定できます。

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