MicroAVS reのVASP読込み&分子コピー

MicroAVS re は VASP データ読込みに対応しています。

電荷密度の可視化および、分子形状の時系列再生、コピー表示が行えます。


MicroAVS re の大きな特徴のひとつに、

VASP の計算結果データの読込み対応があります。

(VASP:分子動力学分野において使用される第一原理計算ソフトウェア)

 

読み込んだ VASP データに対し、以下のことが行なえます。

  • 電荷密度データの可視化
  • 原子情報パラメータから Ball&Stick、CPK の表示
  • 時系列データを読み込み、分子の動きをアニメーション表示
  • 分子形状を特定軸方向にコピーして表示

読み込み手順

VASP 読込みでは、通常の 「データ読込み」 とは異なるメニューを使用します

 

File」 メニューの 「read Extra format」-「Read VASP」 メニューを選択すると、

VASP データ読み込み専用のダイアログが表示されます。

Data select」 で 「VASP」 または 「VASP MD」 のどちらか(下記参照)を選び、

それぞれのファイルを指定(直接パスを入力するか「…」ボタンからファイルブラウザを表示)し、

Read Data」 ボタンをクリックすると読み込みが行われます。

 

VASP

電荷密度および原子情報を読み込みます。読み込み直後の可視化メソッドリストには

Ball&Stick(CPK) を表示させるための 「CHGCAR」 と、

電荷密度に対するデフォルト可視化メソッド 「Bounds」 が表示されます。

Add Method」 ボタンで電荷密度に可視化メソッドを適用します。

VASP MD

複数ステップの原子情報を読み込みます。読み込み直後の可視化メソッドリストには

Ball&Stick(CPK) を表示させるための 「XDATCAR」 が表示されます。

時系列ステップ再生をコントロールするボタン群も含まれます。

分子形状のコピー

CHGCAR」 および 「XDATCAR」 には分子形状をコピーするパラメータがあります。

コピーする方向(任意方向の指定が可能)とコピー回数を指定できます。


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